Nach der tatsächlichen Inbetriebnahme der Anlage beginnt die Vergütungsdauer, welche auf 20 Jahre festgesetzt ist und nicht unterbrochen werden kann.
Erfüllt die Anlage auch nach der Inbetriebnahme die Anspruchsvoraussetzungen, so verfügt die Vollzugsstelle Pronovo über den entsprechenden provisorischen Vergütungssatz.
Die Auszahlung der gleitenden Marktprämie erfolgt durch Pronovo zulasten des Netzzuschlagsfonds. Das gewünschte Auszahlungskonto sowie allenfalls die Mehrwertsteuernummer sind Pronovo mit dem Formular «Zahlungsinformationen für EVS, GMP, IB und BKB» mitzuteilen. Liegen Pronovo die vollständigen Unterlagen und die Produktionsdaten vor, erfolgt eine quartalsweise Vergütung. Aufgrund der Erfassungsfristen und der vierteljährlichen Auszahlungsperiodizität erfolgt der Vergütungslauf jeweils per Ende des Folgequartals nach Ablauf des Produktionsquartals wie folgt:
| Produktion | Erfassung der Produktionsmenge durch den Netzbetreiber bis | Vergütung Anlagenbetreiber bis |
| 1. Quartal | spätestens Ende April | Ende Juni |
| 2. Quartal | spätestens Ende Juli | Ende September |
| 3. Quartal | spätestens Ende Oktober | Ende Dezember |
| 4. Quartal | spätestens Ende Januar | Ende März |
Bei Biomasseanlagen wird anhand der von der Verteilnetzbetreiberin gemeldeten Energiedaten im Rahmen einer jährlichen Überprüfung die gleitende Marktprämie für das vergangene Jahr festgesetzt. Deren Höhe gilt ebenso als provisorischer Vergütungssatz für das nachfolgende Kalenderjahr. Die Vergütung wird vierteljährlich ausgezahlt.