Pronovo ist seit 2018 die akkreditierte Zertifizierungsstelle für die Erfassung, Überwachung der Weitergabe, Ausstellung und Entwertung von Herkunftsnachweisen (HKN) für Strom im Sinne der Verordnung des UVEK über den Nachweis der Produktionsart und der Herkunft von Elektrizität.
Ab dem 1. Januar 2025 wird Pronovo neben den Herkunftsnachweisen für Strom auch das Herkunftsnachweissystem für erneuerbare Treib- und Brennstoffe (eTS/eBS-System) betreiben.
Die jährliche Zulassung durch die Schweizerische Akkreditierungsstelle (SAS) garantiert, dass weder die Geschäftsleitung noch die Eigentümer der Pronovo AG einen Einfluss auf die Abwicklung der Herkunftsnachweise sowie die verschiedenen Förderprogramme ausüben. Das Bundesamt für Energie (BFE) ist die verantwortliche Aufsichtsbehörde.