Die Vollzugsstelle ist als unabhängige Stelle für den Vollzug der MKF zuständig. Es ergibt sich folgender Ablauf:

1. Der unabhängige Produzent liefert den Strom seiner MKF-Anlage an sein Energieversorgungsunternehmen (EVU).
2. Mit dem Strom beliefert das EVU wiederum seine Endverbraucher.
3. Im Gegenzug zahlen die Endverbraucher dem EVU den marktorientierten Energiepreis sowie den Netzzuschlag.
4. Den Netzzuschlag gibt das EVU an Pronovo weiter. 
5. Das EVU zahlt dem Produzenten gemäss MKF-Richtlinie einen garantierten Abnahmepreis von durchschnittlich 15 bzw. 16 Rp./kWh.
6. Das EVU wird dementsprechend mit Mehrkosten belastet, die sich aus der Differenz zwischen dem garantierten Abnahmepreis und dem marktorientieren Bezugspreis ergeben.
7. Diese Mehrkosten werden dem EVU durch die Pronovo aus dem Fonds erstattet.

Damit eine Anlage durch die MKF vergütet werden kann, muss sie im Schweizerischen Herkunftsnachweis-System (HKNS) erfasst sein. Der Produzent hat Anrecht auf die Herkunftsnachweise (HKN) seiner Anlage und kann den ökologischen Mehrwert seiner Anlage selber vermarkten. Er hat hierfür die Möglichkeit die HKN auf dem freien Markt zu handeln oder sie mit einem Dauerauftrag an ein Unternehmen der öffentlichen Energieversorgung abzutreten.